Genotypowanie mikroorganizmów

Oferujemy możliwość przeprowadzenia genotypowania szczepów bakteryjnych lub grzybowych. Proponujemy następujące technik oparte na analizie DNA.

  1. RAPD (ang. Random Amplified Polymorphic DNA) jest to jedna z najpopularniejszych metod PCR fingerprinting. Szerokie zastosowanie w badaniach epidemiologicznych zawdzięcza szybkości i prostocie wykonania. Technika RAPD opiera się na reakcji PCR, przy zastosowaniu jednego lub kilku starterów, które łączą się do matrycy losowo, z określoną wydajnością, z mniej lub bardziej homologicznymi sekwencjami, w niskiej temperaturze przyłączania. W wyniku reakcji PCR uzyskuje się określony profil genotypowy, pozwalający następnie na analizę i porównanie poszczególnych izolatów.
  2. Rybotypowanie opiera się na analizie genów kodujących rybosomalny RNA (rRNA), znajdujących się w operonach rrn. Między sekwencjami odpowiedzialnymi za syntezę podjednostek rybosomalnych 16S, 23S i 5S rRNA występują regiony polimorficzne o zróżnicowanej wielkości i sekwencji. Te regiony operonów stanowią doskonały cel molekularny wykorzystywany w badaniach filogenetycznych.
  3. PCR-RFLP (ang. Restriction Fragment Length Polymorphism) polega na analizie określonych rejonów genomu, które po uprzedniej amplifikacji poddawane są analizie restrykcyjnej. Doboru amplifikowanej sekwencji dokonuje się biorąc pod uwagę cel przeprowadzanej analizy. Może to być sekwencja specyficzna gatunkowo, umożliwiająca jednoczesną identyfikację rodzajową lub gatunkową, bądź też region umożliwiający przeprowadzenie analizy filogenetycznej. Metoda wykorzystywana jest również do wykrywania mutacji punktowych.
  4. PCR MP (ang. PCR Melting Profile) jest jedną z technik opartych o metody ligacji adaptorów LM PCR (ang. Ligation Mediated PCR). Metoda PCR MP znajduje zastosowanie w typowaniu genetycznym szczepów bakteryjnych i grzybowych. Wykorzystuje ona fakt, iż do powielania fragmentu DNA za pomocą PCR niezbędna jest całkowita jego denaturacja. Amplifikacja ograniczonej liczby fragmentów następuje dzięki zastosowaniu niższej niż w klasycznej reakcji PCR temperatury denaturacji.
  5. ADSRRS (ang. Amplification of DNA Surrounding Rare Restriction Site) jest jedną z technik opartych o metody ligacji adaptorów LM PCR (ang. Ligation Mediated PCR). Metoda ADSRRS znajduje zastosowanie w typowaniu genetycznym szczepów bakteryjnych. Ograniczenie liczby amplifikowanych fragmentów w technice ADSRRS odbywa się na zasadzie supresji reakcji PCR, która zachodzi, gdy następuje wewnątrz-cząsteczkowa hybrydyzacja homologicznych fragmentów DNA.

Więcej informacji